Spørsmål:
Hva er den riktige måten å illustrere en tilknytning til noe irrelevant i en strukturformel?
georgewatson
2016-09-12 15:31:24 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Du kan sikkert si at jeg ikke er kjemiker (hei fra fysikk!), men jeg har plutselig funnet at jeg må tegne noen strukturformler, derav det dumme spørsmålet.

Jeg har tegnet et diagram over de fire DNA-basene:

DNA bases

Jeg bryr meg ikke om hva de er knyttet til, og det gjør jeg ikke har lyst til å tegne et helt DNA-molekyl, men jeg vil gjerne vise hvor de binder seg til resten av nukleotidet. Jeg har brukt \ cdots ($ \ cdots $) for øyeblikket, men det føles ikke riktig. Jeg vurderte R, men jeg er ikke sikker på om et helt DNA-molekyl virkelig teller som en R-gruppe. Jeg så en bølget bånd en gang, men det føles som om de er begrenset til stereokjemi.

Hva er konvensjonen i tilfeller som dette? (Og hva skal jeg Google for å finne det neste gang jeg vil vite det?)

To svar:
orthocresol
2016-09-12 16:00:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Akkurat som en sidemerknad, tror jeg det er lettere å bruke ChemDraw til å lage grafikken og deretter importere dem til LaTeX-filen, i stedet for å bruke chemfig-pakken som (jeg synes) er tungvint. Det er åpenbart helt ditt valg.

Jeg tror ikke det er en etablert konvensjon per se .

Hvis du skrev $ \ ce { R} $, nesten alle ville forstå det, spesielt hvis du også nevner på siden at $ \ ce {R} $ refererer til deoksyribosesukker. I kjemi brukes $ \ ce {R} $ til alt og alt.

Jeg har ikke sett $ \ cdots $ bli brukt til dette formålet i kjemi før.

A bølget linje parallell til en binding brukes ikke til å indikere stereokjemi. Det brukes vanligvis for å vise at en gruppe eller gruppe kobles til noe annet. For eksempel, hvis jeg var for lat til å skrive denne reaksjonen i sin helhet

Hypothetical

ville jeg i stedet skrevet

Lazy

I ditt tilfelle vil det også være akseptabelt.

Eksempler

Når det er sagt, gikk jeg for å se opp noen lærebøker.

Berg & Stryer, Biochemistry , 7. utgave: Intet

enter image description here

Clayden et al. , Organic Chemistry , 2. utg .: R

enter image description here

Blackburn et al. , Nucleic Acids in Chemistry and Biology , 3. utgave: Intet

enter image description here

McMurry, Organisk kjemi 8. utg .: Bølgete linjer

enter image description here

TL; DR sterk >: Du kan sannsynligvis slippe unna med alt du liker.

Takk! Jeg er imponert over hvor raskt du klarte å vise meg lærebøker. ChemDraw ville sannsynligvis være enklere, men jeg har ikke en kopi (ennå), og jeg er komfortabel nok med LaTeX til å kunne administrere de relativt enkle diagrammene jeg jobber med. Jeg vil i det minste endre ChemFig-innstillingene for å matche ChemDraw (med bredere dobbeltbåndsavstand og slikt) på et tidspunkt.
* Ingenting * er åpenbart det verste valget siden det ser ut som en metylgruppe.
@Jan Ja, det er absolutt strengt feil, men jeg synes det er greit så lenge konteksten er etablert. Hver bok beskriver strukturen til et deoksyribonukleotid før de snakker om Watson-Crick baseparring, så det er liten mulighet for feiltolkning.
Derfor sa jeg * det verste valget * - det tar meg to utseende som minimum å etablere innholdet som ikke er en metylgruppe;) Men ja, med kontekst er det ikke galt ^^
@dendodge Som en sidemerknad: når du tar hensyn til bakgrunnen som er nevnt i profilen din (eksponering for forskjellige operativsystemer, HTML), representerer ChemDoodle et interessant alternativ til ChemDraw.
Faded Giant
2016-09-12 16:52:25 UTC
view on stackexchange narkive permalink

I henhold til Grafiske representasjonsstandarder for kjemiske strukturdiagrammer (IUPAC-anbefalinger 2008), i strukturdiagrammet for overordnet struktur , variabel substituenter skal angis med en entydig etikett.

Denne etiketten bør velges slik at den ikke lett kan forveksles med andre gyldige elementsymboler eller fragmentforkortelser. Tradisjonelt er bokstaven "R" mye brukt, etterfulgt av et oppskrevet tall (R 1 , R 2 , etc.) eller prime (s) (R ', R "osv.) om nødvendig for å skille mellom forskjellige grupper. Det er ikke akseptabelt å bruke en bokstav etterfulgt av et tegnet nummer, siden tall med abonnement er oftere brukt for å indikere gjentatte teller, og forvirring mellom de to er uunngåelig. Andre vanlige symboler inkluderer X, Z og G. (…)

Etiketten kan brukes med eller uten en eksplisitt liste over tillatte substituenter (f.eks. I tabellform).

bølget linje foretrekkes i strukturdiagrammer over de variable substituentene i tilfeller der de eksterne tilkoblingspunktene må angis for de variable substituentene.

Variable substituents

Hvis du vurderer nukleobaser med variable substituenter, kan du bruke etiketter som "R". Hvis du anser nukleobasene for å være de variable substituentene til en annen (større) overordnet struktur e, du kan bruke en bølget linje.



ⓘ
Denne spørsmålet ble automatisk oversatt fra engelsk.Det opprinnelige innholdet er tilgjengelig på stackexchange, som vi takker for cc by-sa 3.0-lisensen den distribueres under.
Loading...